秘書室係屬幕僚單位，全力支援校長與副校長推動校務。近年已由傳統行政秘書的支援角色迅速擴展為開創發展願景的綜合企劃單位。秘書室於96年度起進行組織再造，除了將原業務職掌設為綜合業務組外，為積極提升學校知名度及統籌學校公共關係相關事宜，增設公共關係組；另為擴大與校友聯繫及向企業界募款，校友服務組也由研發處轉移併入秘書室。既有綜合業務組除隨著校務蒸蒸日上而持續增加公文審核工作負荷與處理愈趨繁複的行政協調事務外，並接辦全校性別平等教育委員會、督導各單位中英文網頁更新與專人處理校長電子信箱服務等多項未經明訂專屬於各行政單位權責的臨時交辦事項。於96年8月1日起秘書室正式分設綜合業務、公共關係與校友服務三組，由主任秘書綜理各項業務。